Към рафинерията е построена специализирана пречиствателна станция, благодарение на чийто капацитет “ВИН.С. Индустрийс” отговаря на световните изисквания за опазване на околната среда. През 2008 г. станцията е обновена и към момента е една от най-модерните в страната. 
Това е единствената пречиствателна станция в България, при която се използва  анаеробно стъпало за третиране на отпадните води. Процесът се извършва в реактор BIOMAR ® на водещата в бранша немска фирма ENVIRO CHEMIE GmbH.
Проектът е на стойност над 1,5 милиона евро